1970年５月
沖縄県那覇市に株式会社サンエーを設立（資本金50千ドル）

1970年７月
総合衣料セルフサービス店「那覇店」を開店

1972年５月
本土復帰に伴う通貨の切換えにより、資本金は24,400千円となる

1982年９月
サンエー運輸株式会社（非連結子会社）を設立（資本金10,000千円）

1984年11月
沖縄県宜野湾市に大山流通センターを新設

1985年５月
沖縄県宜野湾市に本社を移転

1985年６月
大山流通センター内に生鮮加工センター（現　食品加工センター）を開設
1989年９月
ニチリウ（日本流通産業株式会社）グループに加盟

1992年９月
食品加工センター内に食品工場稼動

1995年４月
株式会社ダイイチ（現　株式会社エディオン）とフランチャイズ契約を締結し、家電販売を開始

1998年10月
「サンエーカード」（ポイントカード）を導入

2000年９月
日本証券業協会に店頭登録

2002年１月
株式会社ジョイフルとフランチャイズ契約を締結し、ファミリーレストラン１号店を開店

2002年10月
沖縄県那覇市に「那覇メインプレイス」（売場面積32,312㎡）を開店

2003年10月
「サンエーＶＩＳＡカード」（クレジットカード（株式会社オークス（現　株式会社ＯＣＳ）提携））を導入

2005年２月
東京証券取引所市場第二部に上場

2006年２月
東京証券取引所市場第一部に上場

2006年７月
ＩＳＯ２２０００認証取得（食品加工センター）

2006年10月
株式会社マツモトキヨシとフランチャイズ契約を締結し、ドラッグストア１号店を開店

2007年10月
創業店舗「那覇店」（平成19年２月閉店）をドラッグストアに業態転換

2008年２月
「サンエーＥｄｙカード」（プリペイド型電子マネーＥｄｙ（ビットワレット株式会社（現　楽天Ｅｄｙ株式会社）運営））を導入

2009年12月
株式会社ローソンとの合弁会社「株式会社ローソン沖縄」（当社持分比率51％）が、沖縄県内におけるコンビニエンスストアのフランチャイズシステム及び直営店の運営を開始

2012年３月
株式会社東急ハンズ（現　株式会社ハンズ）とフランチャイズ契約を締結し、同年７月に１号店を開店

2012年11月
タリーズコーヒージャパン株式会社とフランチャイズチェーン加盟店契約を締結し、平成25年４月に１号店を開店

2013年８月
株式会社良品計画と無印良品ライセンスト・ストア基本契約を締結し、同年10月に１号店を開店

2014年10月
株式会社フェニックスとサブライセンス契約を締結し、「ピザハット Express（エクスプレス）」１号店を開店

2015年11月
「株式会社サンエー浦添西海岸開発」（当社持分比率100％）を設立

2016年12月
株式会社パルコとの合弁会社「株式会社サンエーパルコ」（当社持分比率51％）を設立

2018年７月
株式会社赤ちゃん本舗とパッケージライセンス等基本契約を締結し、2019年6月に「アカチャンホンポ」1号店を開店

2018年７月
株式会社マーメイドベーカリーパートナーズとフランチャイズ契約を締結し、2019年6月に「リトルマーメイド」１号店を開店

2019年6月
「浦添西海岸PARCO CITY」を開店、「アカチャンホンポ」（パッケージライセンス）、「リトルマーメイド」（ＦＣ）の１号店を開店